Ασφαλιστική κάλυψη παρέχει ο ΕΟΠΥΥ στους ασθενείς που υποβάλλονται σε παιδοκαρδιοχειρουργικές επεμβάσεις, τόσο στα δημόσια νοσοκομεία, όσο και στο Ωνάσειο Καρδιοχειρουργικό Κέντρο αλλά και σε όλους τους συμβεβλημένους παρόχους του ιδιωτικού τομέα.
Όλες οι παιδοκαρδιοχειρουργικές επεμβάσεις θα πραγματοποιούνται χωρίς συμμετοχή των ασθενών, σύμφωνα με το σύστημα των ΚΕΝ (Κλειστό Ενοποιημένο Νοσήλιο), βάσει του άρθρου 12, παράγραφος ε΄ του Ενιαίου Κανονισμού Παροχών Υγείας (ΕΚΠΥ) του ΕΟΠΥΥ (ΦΕΚ 4898/τ.Β’/01.01.2018).
Στα ιδιωτικά θεραπευτήρια οι αμοιβές των ιατρών θα καλύπτονται από τον ΕΟΠΥΥ υπό συγκεκριμένες προϋποθέσεις, με σημαντικότερη την αδυναμία εξυπηρέτησης από τα Δημόσια Νοσοκομεία. Για την κάλυψη θα πρέπει να έχει προηγηθεί έγκριση από το Ανώτατο Υγειονομικό Συμβούλιο (ΑΥΣ) και έκδοση απόφασης από τη διοίκηση του ΕΟΠΥΥ. Προβλέπεται επίσης και η περίπτωση των ανασφάλιστων ασθενών κατόπιν υπουργικής απόφασης.
Σύμφωνα με το άρθρο 32 «Περίθαλψη – Παροχές Ασθενείας σε Είδος σε Κράτη – Μέλη της Ευρωπαϊκής Ένωσης και Λοιπές Χώρες» του ΕΚΠΥ του ΕΟΠΥΥ (ΦΕΚ 4898/τ.Β’/01.01.2018), γίνονται δεκτές οι γνωμοδοτήσεις από ιδιωτικά καρδιοχειρουργικά κέντρα και από το Ωνάσειο Καρδιοχειρουργικό́ Κέντρο για επεμβάσεις στο εξωτερικό, με την προϋπόθεση ότι αυτές δεν πραγματοποιούνται στην Ελλάδα.
Για τις παιδοκαρδιοχειρουργικές επεμβάσεις σε ιδιωτικά καρδιοχειρουργικά κέντρα και για το Ωνάσειο Καρδιοχειρουργικό Κέντρο δεν απαιτείται γνωμοδότηση από δημόσιο φορέα.
Ειδικότερα, τα παιδιά́ που νοσηλεύονται στο Ωνάσειο Καρδιοχειρουργικό́ Κέντρο δεν πληρώνουν καμία συμμετοχή́ και τα έξοδά τους καλύπτονται πλήρως από́ τον ασφαλιστικό́ τους φορέα, καθώς το ιατρικό́ προσωπικό́ αμείβεται από́ το Νοσοκομείο. Αξίζει επίσης να σημειωθεί ότι, με απόφαση της διοίκησης τα ανασφάλιστα παιδιά́ που νοσηλεύονται στο Ωνάσειο Καρδιοχειρουργικό́ Κέντρο δεν πληρώνουν καμιά συμμετοχή́.